热稳定性

　　热稳定性是指DNA聚合酶能够耐受高温的能力。不同的DNA聚合酶的热稳定性差异较大，一般通过半衰期来体现。由于热循环是DNA扩增重复链式反应条件的关键特征，因此，所使用DNA聚合酶的热稳定性非常重要。尽管初来自于嗜热菌菌株的TaqDNA聚合酶可耐受相对较高的温度，但是其半衰期在90°C以上时明显缩短。当使用长时间高温使具有二级结构和富含GC序列的DNA变性时，这一缺陷便成为一大难题。

　　保真度

　　保真度是指DNA聚合酶复制DNA模板的能力。部分DNA聚合酶具有3’-5’的核酸外切酶活性，能够校正错误碱基。保真度的高低可通过错配率来体现。DNA聚合酶的校正能力决定了保真度，会影响DNA序列复制的准确性。因此，高保真DNA聚合酶就是具有强校正活性的酶。DNA聚合酶准确复制DNA序列（即获得无错误序列）的能力对分子克隆、测序和定点突变等实验应用至关重要。

　　扩增速度

　　扩增速度是指在延伸时，DNA聚合酶向DNA新链中掺入核苷酸的速率。扩增速度除与DNA聚合酶有关，还会受到延伸温度，缓冲液及模板复杂程度等的影响。

　　特异性

　　特异性是指DNA聚合酶在PCR过程中只扩增目的片段的能力。为了提高PCR特异性，常通过抗体法或配体法等方式对DNA聚合酶进行修饰，使酶活性在低温条件下封闭，减少非特异性延伸和扩增。